Ο αρχιτέκτονας Νίκος Σηφουνάκης γεννήθηκε στο Ρέθυμνο.
Τελείωσε το Γυμνάσιο και το Λύκειο στην Αθήνα και σπούδασε αρχιτεκτονική στη Γένοβα. Μετεκπαιδεύτηκε στον τομέα της αναστήλωσης μνημείων.
Διετέλεσε επιμελητής στην έδρα της Αρχιτεκτονικής Περιβάλλοντος στην Αρχιτεκτονική Σχολή του Πανεπιστημίου του Παλέρμο.

Εκπόνησε μελέτες συντήρησης και αναστήλωσης μνημείων σε πολλές περιοχές της Ελλάδας, όπως: Αθήνα, Πύλο, Ρέθυμνο, Σύρο, Τήνο, Μάνη, Λέσβο, Λήμνο κ.α.
Δημοσίευσε σειρά άρθρων για την αρχιτεκτονική, τα μνημεία και το περιβάλλον σε εφημερίδες και περιοδικά, και διετέλεσε μέλος της Διευθυντικής Επιτροπής για την Αρχιτεκτονική μας κληρονομιά στο Συμβούλιο της Ευρώπης. Το 1987 βραβεύτηκε από τον Οργανισμό Europa Nostra για την συνεισφορά του στη διάσωση της αρχιτεκτονικής κληρονομιάς στο Νομό Λέσβου.

Η σχέση του Νίκου Σηφουνάκη με τη δημοκρατική παράταξη ξεκινά από τον πατέρα του ο οποίος ήταν συνεργάτης του Νικολάου Πλαστήρα. Ο Νικόλαος Πλαστήρας υπήρξε επίσης νονός του Νίκου Σηφουνάκη.

Δραστηριοποιήθηκε πολιτικά στα χρόνια της δικτατορίας από τις γραμμές της ΕΔΗΝ και υπήρξε φίλος του Αλέκου Παναγούλη. Στη μεταπολίτευση εντάχθηκε στο ΠΑΣΟΚ. Διετέλεσε νομάρχης Λέσβου κατά την τετραετία 1982-1986 και γενικός διευθυντής της ΕΡΤ την περίοδο 1986-1988.

Για δεκαπέντε χρόνια, από το 1989 έως το 2004 εκλεγόταν ανελλιπώς βουλευτής του ΠΑΣΟΚ στο Νομό Λέσβου, ενώ στις εκλογές του 2004, αν και αναδείχθηκε πρώτος βουλευτής, δεν κατέλαβε την έδρα εξαιτίας του εκλογικού νόμου.